เป็นโรคพืชที่สำคัญของทุเรียน มักพบได้ตั้งแต่ระยะผลอ่อนจนถึงระยะเก็บเกี่ยวผลผลิต และหลังการเก็บเกี่ยวในระหว่างการบ่มผลทุเรียนให้สุก โรคนี้เกิดจากเชื้อราหลายชนิด เช่น เชื้อราไฟทอปธอรา พาลมิโวรา (Phytophthora palmivora) เชื้อราโฟมอปซีส (Colletotrichum spp.) และเชื้อราลาซิโอดิพโพลเดีย ธีโอโบรมี (Lasiodiplodia theobromae)
เชื้อราไฟทอปธอรา พาลมิโวรา (Phytophthora palmivora) เป็นสาเหตุหลักของโรคผลเน่าทุเรียน เชื้อราชนิดนี้สามารถเข้าทำลายผลทุเรียนได้ผ่านทางแผล รอยแตก หรือรอยช้ำบนเปลือกผล
สภาพอากาศที่ร้อนชื้น เอื้ออำนวยต่อการเจริญเติบโตของเชื้อรา
การให้น้ำเกินไป หรือการระบายน้ำในแปลงปลูกไม่ดี
การใช้ปุ๋ยไนโตรเจนสูง
การเก็บเกี่ยวผลทุเรียนก่อนแก่
แผลจากแมลงกัดต่อย
